🔻L’ADN environnemental pour sauver les espèces menacées d’eau douce

Photo d'illustration ©the_iop de Pixabay

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Parce que les écosystèmes d’eau douce sont sous-étudiés et sous-financés, il existe un manque d’informations important sur la biodiversité qu’ils abritent. Le programme eBioAtalts – un partenariat entre l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) et NatureMetrics – a réalisé une étude expérimentale au Libéria pour recueillir l’ADN environnemental de nombreuses espèces d’eau douce afin d’aider à les conserver.

Malgré leur importance, les écosystèmes d’eau douce disparaissent trois fois plus vite que les forêts tropicales humides. Les experts estiment que les populations d’eau douce – mammifères, oiseaux, amphibiens, reptiles et poissons – ont diminué de 84 % depuis 1970, soit environ 4 % par an, indique le site d’information Mongabay. Pour enrayer cette crise et soutenir les efforts de conservation, l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) et NatureMetrics se sont associés pour former un tout nouveau partenariat : eBioAtlas. Le programme permet d’examiner l’ADN environnemental (ADNe) qui correspond aux traces de matériel génétique laissées dans l’eau par les animaux. Cela permet d’obtenir rapidement des informations sur la biodiversité, notamment dans les endroits où les données font défaut.

Dans le cadre d’une étude pilote en 2020, une équipe de scientifiques a prélevé des échantillons d’eau le long des rivières Dubo et Dugbe, qui traversent le parc national de Sapo et la zone protégée de la rivière Grand-Kru Gee, dans le sud-est du Liberia. L’équipe a prélevé des échantillons d’eau sur 20 sites et a détecté l’ADN de près de 170 espèces, dont l’hippopotame pygmée, une espèce menacée. Elle a également découvert la première trace du crapaud tai (Sclerophrys taiensis), une espèce menacée, au Liberia, ainsi qu’une espèce de poisson tueur (Scriptaphyosemion schmitti) en danger critique d’extinction. Ils ont découvert la présence de quatre autres espèces menacées : le perroquet jaco (Psittacus erithacus), le Cercopithèque Diane (Cercopithecus diana), le colobe bai (Piliocolobus badius) et le céphalophe de Jentink (Cephalophus jentinki).

L’ADNe permet d’obtenir des données plus rapidement et à moindre coût. « La technologie est également nouvelle parce qu’elle capte tout matériel génétique présent dans l’eau ou le bassin versant, des microbes aux poissons en passant par les éléphants. Les animaux terrestres peuvent laisser leur empreinte génétique lorsqu’ils marchent dans l’eau ou leur ADN peut être emporté dans l’eau lorsqu’il pleut », a déclaré Will Darwall, responsable de la biodiversité des eaux douces au sein du programme mondial pour les espèces de l’UICN dans un entretien avec Mongabay. Pour recueillir l’ADN électronique, l’équipe prélève de l’eau douce en plusieurs endroits à l’aide d’une grande seringue, puis fait passer l’eau à travers un filtre qui capture l’ADN. NatureMetrics extrait l’ADN et le séquence, obtenant ainsi un ensemble complexe de données sur la faune terrestre et d’eau douce. « Il y a tout de même des inconvénients. Avec l’ADN électronique, les experts ne peuvent pas obtenir des comptages précis ni mesurer l’abondance de certains poissons ou animaux. Les poissons qui vivent dans l’eau émettent du matériel génétique de façon constante, tandis que les mammifères terrestres introduisent de l’ADN dans l’eau de façon sporadique. Cette technologie est censée compléter les informations que les scientifiques recueillent par des observations sur le terrain », explique le média.