L’avis favorable du Conseil national de protection de la nature (CNPN) pour les travaux préparatoires a été délivré par 4 voix contre 3 et 2 abstentions. Le problème reste la destruction d’habitats du grand hamster d’Europe.
Ce projet autoroutier à deux fois deux voies d’une longueur de 24 km a été déclaré d’utilité publique le 23 janvier 2008. Il reliera le nœud autoroutier A4/A35 au nord de l’agglomération strasbourgeoise et le nœud autoroutier A352/A35 au sud, traversant 22 communes. L’avis du Comité permanent du CNPN ne porte à ce stade que sur les travaux préalables (fouilles archéologiques préventives, localisation exacte des réseaux souterrains), et « ne préjuge en rien de l’avis qu’il pourra donner sur le projet même de réalisation du Contournement ouest de Strasbourg ».
Le projet d’autoroute A355 recoupe l’aire du Hamster d’Europe dont l’Alsace abrite l’unique population francaise. La responsabilité de l’État français est donc engagée au niveau de l’Union Européenne et du Conseil de l’Europe pour maintenir l’espèce (menacée de disparition) dans un état de conservation favorable. Un plan national d’action lancé en 2007 s’appuiera à l’avenir sur un nouvel arrêté interministériel relatif aux mesures de protection de l’habitat du Grand hamster. Cet arrêté définit notamment trois territoires où sont interdites la destruction, l’altération ou la dégradation de l’habitat de l’espèce (aires de reproduction et sites de repos) et qui constitueront les « zones de protection stricte (ou statique) » de l’espèce, ces zones étant associées à des espaces tampons de reconquête potentielle, dits « zones d’accompagnement ».
L’emprise même du projet d’autoroute A355 traverse deux de ces zones de protection stricte (une partie de la zone dite « centre » entre Duttlenheim et Duppigheim et la quasi-totalité, du nord au sud, de la zone dite « nord » ) et impactera de facto une partie conséquente des habitats nécessaires au maintien de l’espèce. D’autres secteurs de présence du Grand hamster (mais également du Crapaud vert, du Pélobate brun, etc.) pourraient être affectés par les aménagements fonciers qui accompagneront le chantier.
Malgré la qualité du dossier qui lui a été soumis, le CNPN reste très réservé sur ces travaux préparatoires, pour lesquels il a délivré à une courte majorité un avis favorable, mais assorti de conditions très strictes.