Une étude internationale conduite en Nouvelle-Calédonie montre que des fragments d’ADN dans l’eau de mer révèlent la présence d’espèces rares et craintives de requins là où on les pensait disparues.
L’étude montre que des fragments d’ADN dans l’eau de mer révèlent la présence d’espèces rares et craintives de requins là où on les pensait disparues. Ces résultats, publiés le 2 mai 2018 dans la revue Science Advances, remettent en cause la distribution géographique de ces espèces et interpellent sur la protection de ces populations résiduelles dans les écosystèmes soumis à l’impact de l’Homme.
Les écosystèmes naturels subissent l’impact des activités humaines partout sur la planète. De nombreuses espèces sont maintenant « absentes », ou plus exactement « manquantes », là où elles étaient abondantes autrefois. Ce constat est tout particulièrement alarmant pour la mégafaune marine : les populations de requins ont chuté drastiquement dans tous les océans. Ces espèces auparavant omniprésentes dans les récifs tropicaux sont désormais quasi-invisibles.
Ces espèces sont-elles effectivement absentes ? Ces observations sont-elles liées à la difficulté de détecter des espèces toujours présentes mais devenues invisibles, car très rares et au comportement furtif ?
L’étude publiée le 2 mai 2018 dans Science Advances répond à cette question, grâce à une méthode révolutionnaire, basée sur l’ADN environnemental (ADNe), qui consiste à identifier les espèces présentes dans l’océan à partir des traces d’ADN laissées par les animaux dans l’eau (par exemple des fragments de peau, des excrétions, du sang) : la diversité des requins révélée par l’ADNe est en fait supérieure à ce que l’on pensait, dévoilant ainsi une diversité biologique auparavant invisible. Ainsi, de nombreuses espèces que l’on croyait disparues localement sont a priori toujours présentes mais non-détectables par les méthodes traditionnelles, du fait de leur rareté et de leur comportement craintif.
En utilisant un procédé appelé « métabarcoding », l’équipe a détecté un nombre plus important d’espèces de requins dans quelques échantillons d’eau, par rapport au nombre d’espèces observées au cours de milliers de plongées et de centaines de vidéos appâtées. Ce résultat a été observé aussi bien dans les récifs isolés du Parc Naturel de la Mer de Corail – où les requins sont présents en grand nombre à chaque plongée – qu’à proximité de la capitale, Nouméa, où ces animaux sont aujourd’hui très rares. Cela signifie que l’ADN environnemental permet de détecter les espèces rares et craintives, non seulement dans les zones relativement préservées, mais aussi dans les récifs fortement soumis à l’impact de l’Homme. « Nous avons identifié jusqu’à 7 espèces de requins dans un seul prélèvement d’eau, alors qu’en plongée nous n’avons jamais observé plus de trois espèces à la fois » explique Laurent Vigliola, chercheur en écologie marine à l’IRD et co-coordinateur du programme APEX qui étudie les requins de Nouvelle-Calédonie. « Les résultats sont clairs et parlent d’eux-mêmes, précise Germain Boussarie, le doctorant du programme et premier auteur de l’étude. Avec seulement 22 échantillons d’eau collectés en quelques jours, l’ADN environnemental a révélé la présence de 13 espèces de requins, alors qu’avec presque 3000 plongées et 400 stations de caméras appâtées collectées en plusieurs années nous n’avons pu observer que 9 espèces ».
