Une récente étude publiée dans la revue Nature Communications a analysé la diversité génétique des rhinocéros de Sumatra afin de comprendre leurs réactions face aux défis qui menacent leur survie.
Le rhinocéros de Sumatra (Dicerorhinus Sumatrensis), autrefois présent dans toute l’Asie du Sud-Est, est aujourd’hui en danger critique d’extinction. Moins de 100 individus survivent encore à l’état sauvage uniquement en Indonésie, sur les îles de Sumatra et de Bornéo. La population est confrontée à de graves menaces dues à un faible taux de natalité, à la perte et la fragmentation de leur habitat ainsi qu’au braconnage. Les faibles populations sont souvent exposées à une forte consanguinité, ce qui peut accroître le risque d’extinction. Cependant, une nouvelle étude publiée dans la revue Nature Communications montre que malgré sa petite taille, la population de rhinocéros de Sumatra conserve une diversité génétique importante et présente de faibles niveaux de consanguinité. Un soulagement qui pourrait être de courte durée puisque l’étude d’une sous-population récemment éteinte a révélé qu’un pic soudain et rapide de consanguinité avait précédé son extinction.
Pour arriver à leurs conclusions, les scientifiques ont d’abord séquencé l’ensemble du génome du rhinocéros de Sumatra en 2017 à partir d’échantillons provenant d’Ipuh, un mâle captif qui vivait au zoo de Cincinnati où il a eu trois descendants. Le génome d’Ipuh a suggéré que l’espèce présentait des niveaux de diversité génétique encore assez élevés et que la population mondiale de rhinocéros de Sumatra avait atteint un pic d’environ 57 800 individus au cours de la dernière période glaciaire. La population a ensuite connu un déclin continu, dont elle ne s’est jamais remise. Les chercheurs ont publié les résultats de l’analyse du génome de l’ADN mitochondrial, révélant des informations sur la période à laquelle les trois sous-espèces de rhinocéros de Sumatra ont divergé. Ils ont découvert que l’ancêtre commun le plus récent du rhinocéros de Sumatra vivait il y a environ 360 000 ans et que les sous-espèces ont commencé à diverger il y a environ 80 000 ans, ce qui correspond à des événements biogéographiques majeurs dans la région du Sundaland.
Des trois sous-espèces recensées, deux sont encore présentes : le rhinocéros de Sumatra occidental (Dicerorhinus sumatrensis), que l’on trouve à Sumatra, et le rhinocéros de Bornéo (Dicerorhinus sumatrensis harrissoni), plus petit. Les chercheurs notent que le fait qu’il y ait deux sous-espèces crée un dilemme en matière de conservation. Les effectifs étant en baisse jusqu’à atteindre des niveaux critiques, faut-il mélanger les deux populations pour éviter la consanguinité et l’érosion génétique ? Et, lorsqu’il n’y a pas d’autres solutions, les rhinocéros captifs doivent-ils être accouplés avec leurs parents ? Le niveau faible de consanguinité chez les rhinocéros de Sumatra est sûrement dû au fait que le déclin de la taille de la population est très récent. Cependant, les chercheurs ont découvert que de nombreuses mutations potentiellement dangereuses se cachent dans le génome de ces rhinocéros. Beaucoup de ces mutations pourraient se déclencher si la consanguinité commence et les conséquences pourraient être graves, estiment l’équipe de scientifiques.
